1、限制了末段机动能力，超声速导弹速度太快，弹体过载很大，不太可能做大幅度的机动，在近距离作机动飞行，很可能错失目标。别相信有些人说的什么超音速蛇形机动，超音速反舰导弹在末端很难做出亚音速导弹常见的复杂突防机动弹道。而亚声速导弹没有这个问题，即使进行半径很小的转弯或盘旋也没有多大过载，所以它们末段的机动可以设定得非常复杂和刁钻。目前的先进亚声速反舰导弹据说甚至已经具备了错过目标后重新返回接战的能力。而超声速导弹的末段机动能力有限，基本是条比较平的曲线，反拦截能力较差。

2、超声速导弹的体积过大，限制了它适用于各种发射平台。

3、多普勒效应问题。导弹飞行速度越快，多普勒效应越明显，即使是掠海飞行仍会被发现（现代雷达大都靠多普勒效应取得目标速度信息和抑制杂波）。军舰的雷达可以更容易捕捉到来袭导弹，跟踪也更精确。

4、隐身问题。导弹要高速飞行，弹体就不能采用亚声速导弹的棱锥型或截锥型隐身设计，因此难以实现隐身。而且即使弹体做到隐身，但由超声速压缩的空气团仍然能被精密雷达探测出来。

5、热效应问题。超音速导弹的尾焰非常明显，再加上空气摩擦的热效应，有比较严重的气动加热，就像是黑夜里的火炬那么明显，能让舰载红外探测器的探测距离加倍。